ความวุ่นวายของ คามิโจ โทมะ ที่ต้องใช้ชีวิตอยู่กับ อินเด็กซ์ ซิสเตอร์ผู้สามารถจดคัมภีร์เวทย์มนต์ไว้ในสมองกว่าแสนเล่มยังไม่สิ้นสุดลง เพราะยังมีผู้คนอีกมากมายที่ต้องการคัมภีร์เวทต้องห้ามที่อยู่ในตัวของอินเด็กซ์อยู่ แต่ครั้งนี้ทั้งโทมะ คาโอริ,สเตล,มิซากะ รวมไปถึง แอคเซเลเรเตอร์ต่างต่อสู้กันเพื่อจำกัดศัตร์ที่บุกเข้ามาในเมืองแห่งการศึกษาแห่งนี้